开云(中国)Kaiyun高分辨率空间转录组平台


开云(中国)Kaiyun高分辨率空间转录组平台

 

开云(中国)Kaiyun高分辨率空间转录组使用原位捕获和条形码技术,在亚细胞分辨率(探针簇直径0.8 μm,相邻簇中心距离1.4 μm)下获取整个冷冻组织切片中的转录组图谱,可以在单细胞分辨率水平上研究细胞间的相互作用。目前,该产品兼容冰冻组织(OCT 包埋FF 组织),适用于所有动植物样本。

 

1、 表达芯片特征

1 开云(中国)Kaiyun高分辨率空间表达芯片示意图

 

芯片包括两种类型:组织透化芯片和基因表达芯片,表达芯片捕获区域面积为11*11mm。在捕获区域内存在着数千万的探针簇,每个探针簇的直径为0.8 μm,每平方微米有约18000 条探针,用于捕获转录本(图1)。每条探针捕获序列由5 部分组成 :

 

1、P7 Seq primer:部分测序引物序列;

2、空间Barcode 序列;

3、固定序列:57 nt

4、UMI 序列;

5、30nt polydT) 序列用于捕获转录本;

 

2、 表达芯片特征

 

2 开云(中国)Kaiyun高分辨率空间转录组实验流程

 

由于不同物种、组织来源的样本所需的最佳透化时间不尽相同,在空间转录组测序实验前,首先要进行组织优化。确定好透化条件后,即可进行空间转录组文库构建及测序分析流程。

 

3、 送样要求

可以参考《开云(中国)Kaiyun10x FF 冰冻组织空间转录组样品制备及运输指南》进行样本制备及送样;要求 RNA RIN 值大于7 的样本用于正式实验。

 

4、 数据表现

 

3 小鼠肾组织空间转录分群映射图

 

使用开云(中国)Kaiyun高分辨率空间转录组平台, 构建了小鼠肾的高分辨率空间转录组图谱,揭示了肾组织空间分区结构(图3)。其次,小鼠肾基因表达图谱与HE 染色结果相结合可以清晰的了解各细胞类群的基因表达及相互作用,揭示它们对疾病发生、发展、治疗、预后评估的价值。

 

4 小鼠肾组织空间转录分群映射图

 

目前对人和小鼠的多种组织,包括嗅球、小肠、肾脏、肝等进行空间转录实验,绘制各种细胞类型在组织中的精细空间分布(图4)。

 

5、 平台优势

 

亚细胞分辨率:分辨率为1.4 μm,提供高精度的亚细胞空间定位;

单细胞时空组学完整解决方案:结合病理空间信息和单细胞分辨率,与单细胞和Xenium亚细胞空间原位平台联合,从单细胞、空间以及原位高精度解析组织生物学特征;

高捕获效率及高通量基因检测:超高密度探针,实现切片组织上捕获更多的转录本信息,对于新转录本和低表达丰度的检测提供优势;

多分辨率分析:支持5-100 μm 分辨率数据分析;